Sejarah biologi sendiri dimulai dengan ilmu yang mempelajari tentang hewan (zoologi) yang digagas oleh Aristoteles, salah satu penelitian paling awal dari dunia sains dan merupakan pencetus dalam sejarah ilmiah. Selagi para ahli Yunani Kuno lainnya, seperti Anaximander dan Theophrastes, memberikan kontribusinya terhadap sejarah biologi,  Aristoteles telah digelari "Bapak Biologi" berkat pemikiran zoologi Aristoteles, karena pendekatannya yang sistematis terkait masalah klasifikasi dan penerapan  fisiologi. Metode dan teori Aristoteles merupakan lompatan kuantum dalam pembentukan pemikiran mengenai pengetahuan manusia saat ini . Zoologi Aristoteles adalah sesuatu yang harus dipelajari bagi setiap ahli biologi modern, sebagai contoh atau dasar yang sempurna  mengenai bagaimana cara menyusun sebuah  pengetahuan yang didasarkan pada observasi yang cermat.

Zoologi Aristoteles dan klasifikasi spesiesnya merupakan kontribusi terbesar terhadap sejarah biologi, terutama idenya untuk mengklasifikasikan hewan ke dalam kelompok sesuai dengan perilaku mereka dan berdasarkan persamaan dan perbedaan antara fisiologi mereka. Dengan mengandalkan observasi atau pengamatan ia mampu mengkategorikan spesies-spesies hewan yang diamatinya itu. Meskipun cara ia mengklasifikasikannya terasa 'aneh' dan sulit untuk diterima bagi ahli zoologi modern saat ini, karena mengingat peralatan yang digunakannya terbatas tapi tak bisa dipungkiri bahwa pemikirannya untuk mengklasifikasikan spesies tersebut merupakan suatu akses terhadap penciptaan metode yang sistematis dan pendekatan empiris untuk memperoleh pengetahuan yang lebih terperinci.

Dalam bukunya 'History of Animals', ia mengamati fisiologi hewan dan membandingkan organ dan fungsi spesifik mereka. Dia mencatat bagaimana organ-organ yang sama bisa bervariasi pada hewan yang berbeda dan mendokumentasikan bagaimana organ-organ yang sama memiliki fungsi yang sama sekali berbeda. Dia pun mengaitkan hal ini dengan gaya hidup dan habitat dari spesies tersebut, dan organ-organ tersebut akan menjadi berbeda-beda karena menyesuaikan dengan lingkungannya, apakah hewan tersebut hidup di daratan, di udara atau perairan, dan apakah hewan bernafas dengan udara atau tidak.

Di antara hewan darat ada beberapa hewan yang memiliki paru-paru dan menghirup udara dengan cara yang sama sebagai manusia dan juga mengumpulkan makanan dengan cara yang sama. Paham Zoologi Aristoteles waktu itu mengatakan bahwa lebah dan serangga tidak menghirup udara, hal ini berdasarkan pengamatannya bahwa keduanya tidak memiliki paru-paru (ukurannya yang kecil); dan ternyata dalam hal ini dugaannya salah . Akan tetapi mengingat bahwa ia belum memiliki mikroskop waktu itu maka pendapat Aristoteles yang tidak tepat ini bisa dimaklumi.

Berdasarkan pemikiran-pemikiran yang lahir dari Aristoteles itulah yang membuatnya dijuluki sebagai bapak biologi karena hal itulah yang menjadi dasar kemunculan ilmu biologi itu sendiri dan berkembang menjadi berbagai cabang biologi seperti ilmu Botani, taksonomi, Anatomi, Fisiologi, Mikrobiologi, embriologi, dan lain sebagainya